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低溫、干燥和隔絕空氣是使微生物代謝能力降低的重要因素，所以，菌種保存方法雖多，但都是根據這三個因素而設計的。
保存方法大致可分為以下幾種：
1.斜面低溫保存法
將分純的待存菌接種于適宜的固體斜面培養基上，得到充分生長后，用封口膜封口，貼上標簽，保存于4℃的冰箱中。此法操作簡單、使用方便、不需要特殊設備，是實驗室菌種保存最常用的方法。但保存時間短，一般每個月都要移種1次，而且菌種容易變異，所以此方法只適合實驗室短期實驗菌株的保存。
2.半固體瓊脂法
用接種針將以分純的待存菌，穿刺接種于半固體中，放入培養箱培養后出，封上無菌的液體石蠟，貼上標簽，放4℃冰箱保存。此方法簡便易操作，不需特殊設備、技術難度不大，但保存的時間不長，一般只能保存1年以內，而且對抵抗力弱以及一些特殊菌種大概只能存活3～6個月，需要頻繁的傳代，這樣很容易使菌株受到污染、變異。所以此方法不適用菌種的長期保存，只適合實驗室一些要求不高的菌種的短期保存。
3.液體石蠟保存法
將液體石蠟滅菌，放于37℃恒溫箱中，使水汽蒸發掉備用。再將已分純的待存菌 在最適宜的斜面培養基中培養，使得到健壯的菌體，用無菌吸管吸取已滅菌的液體石蠟，注入已長好的斜面培養基上，用量以高出斜面1cm為準，將試管直立，貼上標簽，置4℃下保存。此法制作簡單，不需要特殊設備，菌種可以保存1年左右不需要經常移種，缺點是保存的時候需要直立放置。此方法適合實驗室短期保存，而且保存時需要一定的空間。
4.高層半固體瓊脂石蠟保存法
將待存菌經平板劃線分離后，挑單個菌落用接種針反復穿刺接種到高固體瓊脂培養基中，經培養箱培養后取出，用滅菌過的液體石蠟滴加到半固體瓊菌種管表層約0.5cm高度，貼上標簽，存放4℃冰箱。此法操作簡便，不需要特殊設備，效果好，可以保存菌株1～2年。所以適合實驗室菌株的較長期的保存。
5.紙片法
將已分純的待存菌用無菌鑷子鑷取紙片，在紙片上刮取4～5個菌落，入凍存管內，蓋上蓋子后用封口膠布封住邊緣，貼上標簽，放入冰箱冷凍保存(－20℃左右)。此方法具有操作簡單、不需特殊設備、經濟實用、保存空間小等而且保存時間至少2年，但對一些營養要求比較高的菌種，存活率不理想。所以方法適合實驗室一些營養要求不高的菌種較長時間的保存。
6.甘油液保存法
將已分純的待存菌接種于肉湯中，37℃培養18～24h，然后按5份肉湯溶液、2份甘油－生理鹽水保存液的比例分裝于滅菌的微量離心管或細胞凍存管中，貼上標簽，置－80℃～－20℃冰箱保存。此法操作簡便，不需要特殊設備，效果好，可以保存菌種3年左右，無變異現象，而且此方法還可以保存一些要求較高的特殊菌種，適用范圍廣。所以此方法適合實驗室普通菌種或特殊菌種的較長期的保存。
